En el Siglo XIX pertenecía al Cuartel III del antiguo partido de Merlo.
El gran cambio se produce con la llegada del primer tren del Ferrocarril Oeste de Buenos Aires el 24 de diciembre de 1870. La ciudad de Marcos Paz fue creada el 25 de octubre de 1878.
El motivo de su nombre es la estación del ferrocarril, llevando el nombre del Dr. Marcos Paz fallecido el 2 de marzo de 1868 en ejercicio de la Vicepresidencia de la Nación luchando en la epidemia de cólera junto a su esposa.
Durante la primera parte del Siglo XX la ciudad tuvo fuertes corrientes migratorias de irlandeses, vascos, franceses, españoles, italianos y portugueses.
En 1993 se clausura el servicio ferroviario del Ferrocarril General Belgrano, quedando obsoleta la Estación Marcos Paz de trocha angosta.
En 1999 entra en funcionamiento el Complejo Penitenciario Federal Nº2.2